Dat de natuur van de Waddenzee van groot internationaal belang is werd erkend met de toekenning van de status van werelderfgoed op 26 juni 2009. De begrenzing van het wereldergoed is ietwat grillig, omdat bewoonde gebieden, vaarwegen, militaire oefenterreinen en de directe omgeving van boorplatforms zijn uitgesloten. Dit betekent dat in de meeste gevallen de grenzen van het werelderfgoed binnen de grenzen van het internationale waddengebied vallen. Alleen in Duitsland is dat anders, omdat daar ook delen van de Noordzee kustzone tot het werelderfgoed horen.
Grenzen internationale waddengebied (blauw) en werelderfgoed Waddenzee (groen).
De natuur in die Noordzee kustzone wordt ook in Nederland wel degelijk beschermd onder de habitatrichtlijn van het Europese Natura2000 beschermingsregime, ook al is die natuur geen onderdeel gemaakt van het werelderfgoed. Een groot deel van het Nederlandse waddengebied wordt beschermd op basis van de vogelrichtijn en/of de habitatrichtlijn van dit Europese Natura2000 beschermingsregime. Menselijke activiteiten zijn toegestaan zolang de natuur geen schade ondervindt. Zeer kwetsbare gebieden, zoals zeehondenligplaatsen en broedkolonies van vogels, kunnen permanent of gedurende een bepaalde periode van het jaar volledig gesloten worden voor menselijk activiteiten op basis van artikel 20 in de natuurbeschermingswet.
Beschermde gebieden op basis van vogelrichtlijn, habitatrichtlijn en artikel 20 van de natuurbeschermingswet.
